系统管理员负责整个应用系统的总体控制和维护工作，可以管理该系统中所有的账套。以系统管理员身份注册进入，可以进行账套的建立、引入和输出，设置操作员和权限，监控系统运行过程，清除异常任务等。系统管理员是系统中权限最高的操作员，他要对系统数据安全和运行安全负责。通用会计信息系统中一般预置默认的系统管理员及口令，企业在正确安装应用系统后，应该及时更改系统管理员的密码，以保障系统的安全性。
账套主管负责所选账套的维护工作。主要包括对所管理的账套进行修改、对年度账的管理（包括创建、清空、引入、输出以及各子系统的年末结转），以及该账套操作员权限的设置。对所管辖的账套来说，账套主管是级别最高的，拥有所有模块的操作权限。由于账套主管是由系统管理员指定的，因此第一次必须以系统管理员的身份注册系统管理，建立账套和指定相应的账套主管之后，才能以账套主管的身份注册系统管理。